V několika následujících řádcích je příklad jednoduchého scriptu, sloužícího ke spuštění úlohy, kterou zavedeme příkazem qsub.

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N myjob.pbs
#PBS -j oe
#PBS -M pepa.novak@cvut.cz
#PBS -m bae
#PBS -l walltime=01:00:00
#PBS -l select=1:ncpus=18:host=flex
####PBS -l place=pack:shared  - pokud ncpus neni nasobkem 18, napr.
########           pri zadani vice uloh s ncpus=1 je to nutne!!
echo "Starting run at: `date`"
/home/pepa/muj_program
echo "Job finished at: `date`"
 

• #PBS -S /bin/bash
  Určuje typ shellu pro zpracování úlohy. Pro zpracování této úlohy bude použit shell bash.
• #PBS -N myjob.pbs
  Jméno úlohy je „myjob.pbs“. Pokud vynecháme tento parametr, úloha se implicitně pojmenuje podle názvu scriptu.
• #PBS -j oe
  Standardní výstup a chybový výstup bude sloučen do jednoho souboru v pracovním adresáři. Ke jménu úlohy se připojí „.onnn“, kde „nnn“ je pořadové číslo úlohy v systému PBS.
• #PBS -M pepa.novak@cvut.cz
  Určuje adresu uživatele, kam budou zaslány případné zprávy. V tomto případě bude zpráva zaslána na adresu pepa.novak@cvut.cz.
• #PBS -m bae
  Zpráva bude zaslána při startu úlohy (b-begin), při přerušení úlohy (a-abort) a při ukončení úlohy (e-end).
• #PBS -l
  Pomocí klíčových slov zde můžeme nastavit požadavky na počet procesorů „ncpus=2“, velikost fyzické paměti „mem=1gb“ a maximální čas pro běh úlohy „walltime=1:00:00“.
  Dále zde specifikujete na kterém počítači má být úloha spuštěna – parametr host. Možné hodnoty jsou: flex,  ferretgpu
  Pokud uvádíme více parametrů na jednu řádku, musí být odděleny čárkou.

Lze uvést více údajů oddělených mezerou na jeden řádek, který začíná #PBS .
Např.: #PBS -S /bin/csh -N pokus -m a

Hlavní příkazy pro práci s PBS pak jsou

• qsub „popis_ulohy“
  zadá úlohu do fronty, např.: qsub popis.cmd  Jeli v popisu úlohy chyba, úloha se nezařadí a PBS vypíše druh chyby.
• qstat [-a | -s]
  ukáže stav jednotlivých úloh ve frontě uživateli, který je zadal, v našem případě pouze pro uživatele „pepa“. Parametr -s vypíše o úloze více informací.
• qdel „nnn“
  smaže úlohu z fronty, eventuelně jí (pokud již běží) ukončí. Číslo „nnn“ je pořadové číslo úlohy v systému PBS.

Existují ještě další příkazy, které umožňují měnit status úlohy.
Podrobnější informace o jednotlivých příkazech systému PBS může uživatel získat pomocí příkazu man (např.: man qdel).

Informace o frontách

• qstat -q
  ukáže časové omezení jednotlivých front a počet úloh ve frontách.
• qstat -Q
  ukáže počet úloh ve frontách.
• qmgr
  spustí qmanager.
• print server
  vytiskne popis k jednotlivým frontám.
• quit
  opustí qmanager.

Interaktivní spouštění úloh

Pro ladění úloh je výhodné si nechat vypisovat výsledky na obrazovku a tak opticky kontrolovat výpis programu nebo hodnoty některých proměnných, o kterých máme představu, jakých hodnot mají nabývat. Pro takové spouštění použijeme funkci qsub  s parametrem -I. Úlohu tedy spustíme následovně: qsub -I pbs_skript. Tím jsme přesměrováni na shell, ve kterém ale musíme ručně zadat veškeré uživatelské příkazy uvedené ve skriptu. Výsledky si můžeme nechat vypisovat na obrazovku a program můžeme ukončit standardně pomocí CTRL-C a PBS shell ukončíme příkazem exit (CTRL-D). Interaktivní úloha nám poběží samozřejmě i mimo PBS, ale může dojít ke kolizi s úlohami spouštěných pomocí PBS a k problémům s během počítače kvůli špatně využitým zdrojům. Naše úloha se objeví i ve výpisu fronty úloh pomocí qstat, nebo podrobněji qstat -f číslo_úlohy.

Pokud bychom potřebovali ladit v grafickém režimu nějaké aplikace, použijeme taktéž qsub. Máme například ladit na 36 jádrech po dobu 30 min na počítači flex, zadáme:

qsub -I -l select=1:ncpus=36:host=flex -l walltime=00:30:00 -v DISPLAY

Kontrolu funkčnosti grafického výstupu si provedeme např. spuštěním xterm, xclock  nebo xeyes  a CTRL-C. Pak si nastavíme prostředí exportem potřebných proměnných a spustíme si aplikaci.